Pengobatan penyakit dalam Usada Dalem didasarkan pada konsep sekala dan niskala. Dari aspek sekala, pengobatan dilakukan dengan menggunakan bahan-bahan obat dari tumbuhan, hewan, maupun mineral, sedangkan dari aspek niskala proses pengobatan dipadukan dengan mantra-mantra yang lebih ditujukan untuk menenangkan pikiran dan mental pasien (pengobatan secara spiritual).

Dasar pengobatan dalam Usada Dalem juga berpedoman pada kepercayaan agama Hindu bahwa sejak semula dalam tubuh manusia terdapat kandungan alam semesta, di mana sumber penyakit senantiasa melekat dan sumber penyakit baru akan hilang setelah Sanghyang Atma meninggalkan badan manusia tersebut. Dengan demikian, sumber penyakit tidak sepenuhnya bisa dihilangkan dari tubuh manusia, melainkan dapat dijaga keseimbangannya agar tidak menimbulkan penyakit berbahaya (Sutara, 2007).

Usada Dalem membahas tentang penyakit dalam terutama penyakit tuju. Penyakit tuju biasa dikenal dengan nama penyakit rematik, yaitu penyakit yang menyebabkan rasa nyeri dan kaku pada sendi, otot, dan tendon. Dalam lontar Usada Dalem memuat 10 jenis penyakit tuju dengan gejala atau tanda-tanda yang berbeda, penyakit gila, barah, buh, badasa, gering agung atau kusta lepra, gudig, kurap gatal dan hangus, gigitan ular, gigitan anjing, obat muka, sasak, sakit bagian pelepasan, penyakit kulit, penyakit perut, penyakit yang tidak mempan diobati, tuju dan bebai, dan cara membuat banten untuk orang sakit. Bila dibandingkan dengan cara pengobatan lain, dengan pengobatan tuju menurut Usada Dalem lebih banyak menggunakan bahan, biasanya dibuat boreh. Dari 10 jenis penyakit tuju, dapat digunakan 30 jenis tumbuhan dari 17 suku, tumbuhan yang digunakan umumnya, mengandung minyak atsiri dan glukosida yang bersifat antiradang, antipiretik, dan analgesic

Dalam Usada Dalem, pengobatan dilakukan dengan berbagai macam tanaman. Tanaman-tanaman yang digunakan dalam Usada Dalem adalah adas, bangle, cempaka kuning, daun intaran, jeruk nipis, jeruk purut, kencur, kunir, lengkuas, liligundi, musi, teriketuka, kenanga, pule, pala, sembung, dan masih banyak tanaman lainnya.

Beberapa macam tanaman beserta kegunaan dan cara penggunaannya adalah sebagai berikut.

Cempaka Kuning

Cempaka Kuning digunakan untuk badan sakit, ngilu dan nyeri di seluruh bagian tubuh yang telah lama diderita dan tidak mempan diobati. Bahan-bahan obat yang digunakan, yaitu pohon cempaka kuning, pohon sandat (kenanga), pohon majagaru, pohon dedak dan ditambah beras merah. Semua bahan-bahan digiling halus. Setelah halus, kemudian dibungkus daun pisang lalu dibakar dengan abu bara. Sewaktu diperkirakan matang, diisi dengan air cendana. Campuran dibedak paremkan sampai beberapa hari secara tetap dan teratur (Pulasari, 2009).

Daun Intaran

Daun intaran digunakan untuk sakit gila dengan gejala selalu mau melepaskan pakaian dari badannya. Bahanbahan obat yang digunakan adalah daun intaran, munggi, sesawi, dan teriketuka. Bahan-bahan tersebut dibuat menjadi obat tetes (Pulasari, 2009).

Jeruk Nipis

Jeruk nipis digunakan untuk pengobatan penyakit tuju, gila, badan kotor, dan gudig yang disertai kurap. Untuk pengobatan penyakit tuju dengan gejala kaki meluang dan sakit berdenyut-denyut, bahan obat yang digunakan adalah air jeruk nipis dicampur dengan serbuk batu merah dan teriketuka, kemudian dibuat menjadi boreh. Untuk penyakit gila dengan gejala berupa penderita berteriak-teriak atau menjerit-jerit seperti kesakitan, bahan obat yang digunakan adalah jeruk nipis dicampur dengan daun keling, sesawi, dan jeruk purut, kemudian dibuat menjadi obat tetes hidung. Untuk penyakit gila dengan gejala penderita  selalu berbicara sendiri tak menentu atau tak berarti, kadang memaki-maki, dan suka makan sesuatu yang tidak pantas untuk dimakan, bahan obat yang digunakan adalah merica putih yang digiling halus dicampur dengan air jeruk nipis, dan diremas bersama dengan semut hitam. Hasilnya langsung diteteskan pada mata, telinga, dan hidung. Untuk badan kotor (daki), kurus keriput, atau sakit gudig, bahan obat yang digunakan adalah jeruk nipis, daun dausa keling, daun teked-teked, dan garam. Bahan-bahan tersebut dibuat dalam bentuk jamu minum atau loloh. Untuk sakit gudig disertai kurap, bahan obat yang digunakan adalah bubuk buah asam (cempaluk), lengkuas, bangle, jeruk nipis, dan minyak kelapa tandusan. Bahan dicampur dan dilumaskan atau diparemkan di seluruh badan. Dibuat obat minum (Pulasari, 2009).

Jeruk Purut

Jeruk purut digunakan untuk pengobatan penyakit tuju, gila, dan ayan. Untuk seseorang yang terkena penyakit tuju dan terasa meluang, bahan obat yang digunakan adalah jeruk purut, kayu kesambi, dan kecemcem. Masingmasing bahan diambil kulitnya, kemudian dicampur dengan teriketuka, tai ayam, tangkai sate, kemudian ditumbuk untuk dibuat menjadi boreh/parem. Untuk sakit gila dengan gejala berteriak-teriak atau menjerit-jerit seperti kesakitan, bahan obat yang digunakan, yaitu jeruk purut dicampur dengan daun keling, sesawi, dan jeruk nipis, kemudian dibuat menjadi obat tetes hidung. Untuk sakit ayan (epilepsi), bahan yang digunakan adalah jeruk purut, uku-uku yang kehitaman, dan garam dibuat menjadi obat jamu minum (Pulasari, 2009).

Kencur

Kencur digunakan untuk sakit encak (luka kena tindih benda berat hingga memar). Bahan obat yang digunakan adalah beras putih dengan kencur, keduanya dikunyah di mulut dan langsung disembur pada bagian yang sakit encak (Pulasari, 2009).

Kunir

Kunir digunakan untuk pengobatan gatal karena jelatang dan untuk meningkatkan nafsu pada wanita. Untuk sakit gatal-gatal karena terkena jelatang, bahan yang digunakan adalah kunir warangan dan kapur bubuk. Kunir warangan digiling dicampur kapur bubuk, kemudian diurutkan pada bagian badan yang gatal karena kena jelatang. Untuk seorang istri, yang tidak bernafsu atau bergairah dalam bersenggema dan tidak lagi kotor kain (menstruasi), bahan obat yang digunakan adalah temu tis, cengkeh, dan santan tane. Bahan-bahan ini diolah sedemikian rupa sehingga dapat digunakan sebagai obat tetes mata, hidung dan telinga. Setelah diteteskan, sisanya diberikan sebagai obat untuk diminum (Pulasari, 2009).

Lengkuas

Lengkuas digunakan untuk pengobatan linu, epilepsi, gila, gudig yang disertai kurap, dan gatal. Untuk penyakit linu-linu, bahan obat yang digunakan antara lain lengkuas, daun sembung, daun pule, temutis, temu kunci, kunir, bangle, dan jahe pahit masing-masing sepanjang satu buli, serta gegambiran anom. Bila ingin dalam keadaan hangat, diisi lagi dengan sinderong dan diambil air endapannya. Mula-mula tumbuk semua bahan, isi sedikit air, diperas dan disaring, kemudian langsung diminum. Untuk sakit ayan dan sering mengalami pingsan (epilepsi), bahan obat yang digunakan adalah lengkuas, paci-paci beserta bunganya, kemiri, dan jebugarum (pala, jangu, dan musi). Semua bahan dibuat menjadi obat jamu minum dan ampas jamu dipakai sebagai bedak parem (boreh). Untuk sakit gila dengan gejala selalu ngomel, bersengut-sengut, dan merengut, bahan obat yang digunakan adalah lengkuas, lenga wangi, selasih harum, dan musi. Semua bahan dibuat menjadi obat tetes hidung dan telinga. Ampasnya dibuat menjadi bedak parem (boreh). Untuk seseorang yang telah lama menderita gila, kadang-kadang sudah sembuh dan kadang-kadang kambuh lagi, bahan obat yang digunakan antara lain 2 iris lengkuas, daun uku-uku yang warnanya agak hitam, dan musi. Semua bahan ditumbuk atau digiling, direndam dengan air cuka, lalu dimasak dalam periuk (digodok). Setelah matang, dibiarkan sampai keesokan harinya dan diambil air yang bening. Air tersebut dipakai sebagai obat minum dan obat tetes pada mata, hidung, dan telinga. Untuk badan sakit gudig disertai kurap, bahan obat yang digunakan antara lain lengkuas, bubuk buah asam (cempaluk), bangle, jeruk nipis, dan minyak kelapa tandusan. Bahan dicampur dan dilumaskan atau diparemkan di seluruh badan. Untuk badan gatal dan binil-binti seperti digigit nyamuk, bahan obat yang digunakan adalah lengkuas, daun pepe, daun pisang saba, kemiri, bawang, dan adas. Semua bahan dibuat dalam bentuk paremnya (Pulasari, 2009).

Liligundi

Liligundi digunakan untuk salit gila dan bengkak. Untuk saki gila dengan geala selalu senyum-senyum, bahan obat yang digunakan adalah akar liligundi, akar intaran, biji bah kelor, dan teriketuka. Bahan-bahan dibuat menjadi obat tetes hidung. Untuk sakit gila dengan gejala tampak menari-nari, bahan obat yang digunakan adalah liligundi sekawit, sesawi, dausa keeling, dan gula. Semua bahan dibuat menjadi obat tetes mata dan hidung. Untuk bengkak-bengkak di badan, bahan obat yang digunakan adalah liligundi, kantewali, musi, ebug harum, dan air cuka. Bahan-bahan ini dicamur dan dimasak sekaligus. Setelah matang, airnya dipakai sebagai obat minum (Pulasari, 2009).

Pule

Pue digunakan untuk pengobatan penyakit tuju. Untuk sakit tuju dengan gejala ruam di bagian badan mana saja (seluruh badan), bahan obat yang digunakan adalah kulit pule, akar awar-awar, beras merah, teriketuka, dan air abu dapur (yang telah diendapkan). Bahan-bahan tersebut ditumbuk halus, lalu dituangi air abu dapur, kemudian diborehkan.

Sembung

Sembung digunakan untuk kepanasan karena terbakar dan perut yang terasa kaku. Untuk seorang yang menderita badan kepanasan karena kena bakar, bahan obat yang digunakan adalah getah kayu sembung tulang.  Diambil setangkai cabang sembung tulang, dipatahkan ranting-rantingnya, kemudian diteteskan getahnya pada bagian yang panas karena terkena bakar. Untuk perut yang terasa kaku serta dugalan (ada endapan kotoran akibat berbagai penyakit), bahan obat yang digunakan adalah sembung, pule, kayu melelo, dan umah sepuh (sejenis semut). Semua bahan dicampur, digiling, diperas, lalu disaring. Air sari dicampur dengan madu dan diberikan sebagai obat minum (Pulasari, 2009).

Dari beberapa contoh yang telah dijelaskan, terlihat bahwa obat-obat dalam Usada Dalem paling banyak diberikan dalam bentuk boreh, tetes (baik mata, hidung, maupun telinga), dan loloh. Selain tanaman-tanaman yang telah disebutkan, masih terdapat banyak tanaman yang digunakan untuk pengobatan dalam Usada Dalem. Beberapa tanaman yang digunakan dalam pengobatan beserta khasiatnya menurut Usada Dalem dapat dilihat pada tabel berikut.

 

No.	Nama tumbuhan	Nama ilmiah	Khasiat menurut usada dalem
1	Adas	Foeniculum vulgare	Upas  Hyang,  mencret, panas biasa, demam,  panas dan gelisah, sakit pjen, sakit perut disertai panas, daging dan otot kaku, gila dan menyebut nama dewa, gila dengan tanda tertentu di tubuhnya, gila dengan tanda senang menangis setiap hari, gila menahun, mata rabun karena tuju rambat, pusing, tuju gumi, panas dalam, panas pusing, jampi wangke,  hati nek, tidak bisa berak dan kencing.
2	Bawang merah	Allium cepa var. aggregatum L.	Obat bengkak, obat keringat tidak bias keluar, gila suka menyanyi, obat gila, obat pusing, tiwang tojos.
3	Bawang putih	Allium sativum L.	Upas rambat, bengkak, mokan beseh mangrekurek, mokan kakipi, obat tidak mengeluarkan keringat, upas kebo ingel, Cetik tiwang saliwah putih, upas rambat, obat bengkak.
4	Bangle	Zingiber purpureum Roxb	Penyakit linu-linu, loyo, segala penyakit tuju, obat gila suka menyanyi, kulit tidak berkeringat, obat bengkak, hati terasa bengkak, tidak sadarkan diri, tiwang  angin.
5	Cempaka kuning	Spesies: Michelia champaca L.	Untuk sakit ngilu di seluruh tubuh.
6	Dadap	Erythrina lithosperma Miq	Terkena racun, badan kurus dan mengeluarkan darah, obat pjen, obat bengkak, sembelit, kerambit disertai tuju, mencret-mencret.
7	Daun intaran	(Azadirachta indica Adr. Juss)	Untuk sakit gila dengan gejala selalu mau melepaskan pakaian.
8	Buah delima	Punica granatum L.	Jampi amengka (membengkak), mencret mengeluarkan darah dan nanah.
9	Jangu	Acorus calamus L	Cetik tiwang saliwah putih.
10	Jeruk Nipis	Citrus aurantifolia (Christm.) Swing	Penyakit tuju, gila, gudig, tiwang belabur dan untuk badan kotor, sembab atau bengkak dan otot terasa kaku disertai rintihan, obat panas demam, obat bingung dan susah tidur, obat susah kencing dan sembelit, perut bengkak.
11	Jeruk Purut	Citrus hystrix Dc	Penyakit tuju dan terasa meluang, penyakit gila dan penyakit ayan.
12	Kelembak	Rheum officinale Baill	Pergelangan tangan gemetar akibat terkena cetik, obat terkena reratus (campuran racun).
13	Kelor	Moringa oleifera Lam	Penyakit kusta, gila yang suka tersenyum-senyum, gila yang suka tertawa, tiwang belabur, merintih-rintih (kriyak-kriyok) perutnya.
14	Kembang sepatu	Hibiscus rosa-sinensis L.	Obat tuju raja bengang, obat bengkak di dalam perut dan bernanah, obat pjen, tuju gumi, racun warangan, merapatkan vagina, obat kuat saat bersengggama.
15	Kemiri	Aleurites moluccana (L.) Willd	Obat bengkak, bengkak dalam perut dan keluar nanah, obat demam, penyakit perut, panas dalam, sakit perut, jampi amengka, obat sembelit.
16	Kenanga	Cananga odorata (Lamk.) Hook.	ngilu di seluruh bagian tubuh,tiwang jawat, gatal seluruh tubuh.
17	Kencur	Kaempferia galanga L	Mencret-mencret, muntah mencret dan gelisah, keluar nanah dan darah di berbagai tempat pada badan, sakin pjen, obat lupa, seluruh tubuh terasa panas, perut kembung disertai panas.
18	Ketumbar	Coriandrum sativum L.	Obat bengkak, bengkak dalam perut dan bernanah, tiwang ketket, jampi agung, obat tubuh terasa panas, upas bengang, muntah mencret dan gelisah,  penyakit linu-linu.
19	Kunir	Curcuma longa L.	Untuk sakit gatal-gatal dan istri yang kurang bergairah.
20	Lengkuas	Alpinia galanga (L.) Sw.v	Penyakit linu, penyakit ayan dan sering pingsan karena epilepsi, untuk badan sakit gudig disertai kurap dan untuk badan gatal.
21	Liligundi	Vitex trifolia L	Sakit gila dengan gejala senyum-senyum dan menari-nari, serta bengkak-bengkak di badan.
22	Mengkudu	Morinda citrifolia L.	Luka digigit anjing, perut bengkak.
23	Pala (jebug arum)	Myristica fragrans Houtt	Gila yang tidak betah diam, obat kemaluan, tiwang, pinggang terasa kaku, panas dingin, jampi amengka, sakit perut.
24	Sembung	Blumea balsamifera L.	Panas karena luka bakar, dan perut kaku.